De tyske myndigheder var på nakken af Henriette Gubi. Amtsforstander Krause i Toftlund var irriteret på hende og kaldte hende et stædigt kvindemenneske. Han følte at hun drillede ham.
Efter sommerferien i 1893 fik hun brev fra amtsforstanderen: Det er ikke ulovligt at undervise, men det er ulovligt at have undervisning som et erhverv.
Henriette Gubi nåede at blive en højt respekteret lærerinde, inden sygdom indhentede hende før hun fyldte 38 år. Den 3. juli 1894 måtte hun aflyse sin deltagelse i folkefesten på Skamlingsbanke dagen efter. Hendes feber var stigende og doktoren stillede diagnosen, tyfus. Henriette Gubi døde den 14. juli 1894 på Gram Sygehus